Ingénieur en Bioinformatique pour le Développement de la Plateforme Microscope H/F - CEA

Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service des citoyens, de l'économie et de l'Etat.

Il apporte des solutions concrètes à leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition énergétique, transition numérique, technologies pour la médecine du futur, défense et sécurité sur un socle de recherche fondamentale. Le CEA s'engage depuis plus de 75 ans au service de la souveraineté scientifique, technologique et industrielle de la France et de l'Europe pour un présent et un avenir mieux maîtrisés et plus sûrs.

Implanté au coeur des territoires équipés de très grandes infrastructures de recherche, le CEA dispose d'un large éventail de partenaires académiques et industriels en France, en Europe et à l'international.

Les 20 000 collaboratrices et collaborateurs du CEA partagent trois valeurs fondamentales :

- La conscience des responsabilités
- La coopération
- La curiosité

Localisé au CEA/Genoscope, un centre de recherche scientifique dédié à la génomique environnementale, le Laboratoire d'Analyses Bioinformatiques pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM, UMR8030, labgem.genoscope.cns.fr ) s'intéresse à l'analyse et à l'exploration de la diversité des microorganismes et de leur métabolisme. Dans ce cadre, notre équipe a développé une expertise très pointue dans le domaine de l'annotation et de l'analyse comparée de génomes microbiens notamment à travers la plateforme MicroScope (mage.genoscope.cns.fr/microscope ). La plateforme MicroScope est utilisée par une large communauté de microbiologistes en France et à l'international (plus de 7 000 comptes utilisateurs) et contient près de 25 000 génomes dans son instance principale. Elle est membre de l'IFB (Institut Français de Bioinformatique, www.france-bioinformatique.fr).

Le domaine connaît plusieurs évolutions majeures: annotation de milliers de génomes, analyses métagénomiques et pangénomiques, données FAIR, etc. Ces évolutions posent des défis en matière de méthodes d'analyse, de calcul et de stockage. La plateforme MicroScope doit donc continuellement être améliorée : ajout de nouvelles fonctionnalités, amélioration des interfaces web, mise à niveau de logiciels, etc.

Dans cet objectif, nous recherchons un.e ingénieur.e bioinformaticien.ne qui s'intégrera dans l'équipe de développement de la plateforme.

Participation aux développements et à l'évolution fonctionnelle de la plateforme MicroScope.

Activités

· Conception de pipelines d'analyse : comparaison d'outils et évaluation de la pertinence des résultats.

· Intégration et maintenance des pipelines dans la plateforme : déploiement des outils et développement de workflows, bases de données et interfaces web.

Ingénieur en bioinformatique (avec une composante développement) possédant des compétences dans les domaines suivants :

· Bioinformatique

· Environnement Linux : scripting, conda/apptainer, calcul sur cluster

· Programmation Python, développement Web, conception de bases de données SQL

· Bonnes connaissances en génomique. Des connaissances en microbiologie seraient appréciées.

Expérience souhaitée : première expérience si possible mais non indispensable.